Особенное место в школе духовности св.Сестры Фаустины занимает Мария, Матерь Милосердия. Набожность к Пресвятой Богородице Сестра Фаустина вынесла из родительского дома, а за годы монашеской жизни её марийная набожность получила особое развитие и обрела глубину. Этому способствовала не только духовность Конгрегации, чьей главной Покровительницей является Божья Матерь Милосердия, но также и очень личный контакт Сестры Фаустины с Марией. Во многочисленных явлениях, видениях, встречах Мария раскрывала ей тайны Божьего милосердия в своей жизни, поучала, укрепляла, сопровождала её в пророческой миссии Милосердия. По неизмеримому Милосердию Бога Я для вас – Мать (Дн. 449), – говорила Богородица. – Я не только Царица Неба, но и Мать Милосердия и твоя Мать (Дн. 330).
Мария для Сестры Фаустины была прежде всего Матерью Сына Божьего – Воплощённого Милосердия, а по милосердию Божьему также матерью каждого человека. Как заботливая и наилучшая Мать, и как Наставница духовной жизни, Мария учила её созерцанию Бога в своей душе, послушанию воле Божией, искусству возлюбить крест и заботам о тех добродетелях, которые являются определяющими для жизненной позиции доверия к Богу и милосердия по отношению к ближним. Я увидела Божию Матерь, которая мне сказала: О, как угодна Богу душа, которая верно идет за веянием Его благодати; Я дала миру Спасителя, а ты должна говорить миру о Его великом милосердии и готовить мир к повторному пришествию Того, Кто придет не как Милосердный Спаситель, но как Справедливый Судья. О, как страшен этот день! Назначен день правосудия, день гнева Божия, дрожат пред ним Ангелы. Говори душам об этом огромном милосердии, пока не пришло время помилования; если ты молчишь сейчас, ты будешь отвечать в тот страшный день за большое число душ. Ничего не бойся, будь верна до конца, Я сочувствую тебе (Дн. 635).
В день, когда Конгрегация избрала Марию своей небесной Генеральной настоятельницей (15 августа 1937 года), Сестра Фаустина в явлении увидела всех сестёр под покровом плаща Марии и услышала слова великого обетования: Каждая из вас, кто вплоть до смерти будет старательной в Моей конгрегации, избежит огня чистилища, и Я хочу, чтобы каждая из вас отличалась такими добродетелями: смирение и кротость, целомудрие, любовь к Богу и ближним, сострадание и милосердие. После этих слов передо мною исчезла конгрегация, и я осталась наедине с Пресвятой Богородицей, Которая стала учить меня воле Божией – как ей надлежит следовать в жизни, целиком повинуясь Его святым решениям. Невозможно нравиться Богу, не исполняя Его святой воли. «Дочь Моя, Я настойчиво прошу тебя верно исполнять все желания Божии, потому что это приятнее всего Его святым очам. Я очень хочу, чтобы ты в этом отличилась, то есть в верности, в исполнении воли Бога. Эту волю Бога предпочитай любым жертвам и всесожжениям» (Дн. 1244).